自2000年至今，本专业已拥具有1个博士后流动站，1个二级学科博士授权点、1个硕士授权点和1个工程硕士授权点，现有专职博士生导师7人，硕士生导师12人，在校硕博士生及工程硕士80余人。目标为我国大型医药企业、高等院校、科研机构及药品监管职能部门培养知识面宽、具有较高专业技术水平和较强应用能力的综合型制药工程领域专门人才，以提升国家生物医药领域的整体核心竞争能力。在研究生教育中始终坚持研究方向和选题以国际前沿为起点，强调研究成果按国际标准和水平来衡量，增强学生的国际竞争力；尤其着力创新能力的培养，强化其基本功的训练，注重良好学风的养成，不断提升研究生培养质量，多年来已为社会培养了200余名胸怀祖国，放眼世界，锐意进取，敢于创新的高层次青年科研人才。
研究方向：
药物产业化技术研究与开发
药物分析及制药过程监测
药物及制药中间体合成工艺及设备
新药设计
天然药物化学及工程
中药现代化工程
手性药物制备技术—色谱法、生物法和化学法
药物制剂工程、新制剂研究与开发
医药新材料
生物制药技术及其工艺
主干课程：
制药分离新技术、高等药物合成、工业微生物学、生物医药材料、生物制药技术新进展、药物检测与质量控制、药物送达系统、药物新制剂技术、高等生物化学、天然产物技术、高等波谱解析、手性药物技术、药事管理导论、无菌与清洁生产的制药过程与管理、药品生产质量管理工程、制药设施的GMP设计、化工技术经济、工程经济与项目管理、专业外语等。
